Výskumná činnosť je interdisciplinárneho charakteru a je podporovaná laboratórnym a terénnym výskumom. Katedra v súčasnosti rieši nasledujúci okruh problematiky: revitalizácia tokov, hospodárenie s vodnými zdrojmi v krajine a ich optimalizácia, obnova a ochrana krajiny z hľadiska vodohospodárskeho, interakcia klimatických zmien a vodného režimu, návrhové maximálne prietoky v podmienkach zmien odtokového režimu.